Jan Plagge ist studierter Gartenbauwissenschaftler und arbeitete von 1997 bis 2000 als Berater für ökologischen Land- und Gartenbau in Ostdeutschland. Im Anschluss war er als Geschäftsführer des Bioland Erzeugerring Bayern e.V. insbesondere für die Entwicklung der Bioland Fachberatung in Bayern zuständig bis er 2008 schließlich die Geschäftsführung der Bioland Beratung GmbH übernahm. Unter seiner Leitung wurde ein bundesweites Beratungs- und Bildungsangebot aufgebaut, das auch ein Traineeprogramm für den Nachwuchs der Biobranche beinhaltet.
Seit 2011 ist Jan Plagge Präsident von Bioland und Vorstand des Bund Ökologische Lebensmittelwirtschaft (BÖLW). 2016 wurde er zum Vizepräsidenten der IFOAM EU Gruppe (International Federation of Organic Agriculture Movements) und 2018 zum Präsidenten gewählt.